益生菌是一类通过改善宿主肠道微生物菌群的平衡而发挥作用的活性微生物，能够产生确切健康功效从而改善宿主的微生态平衡、发挥有益作用。
2001年，世界粮农组织(FAO)和世界卫生组织(WHO)也对益生菌做了如下定义：通过摄取适当的量、对食用者的身体健康能发挥有效作用的活菌。
数千年来人们一直食用的美味食物，如酸奶、泡菜、酸菜、豆豉、纳豆、红茶菌等都是益生菌食品，这些食品中有益的的微生物，如酵母、双歧杆菌、乳酸杆菌、放线菌、枯草杆菌等给我们带来美味和健康。
饮食习惯不良会打破肠道菌群平衡，从而导致腹泻。补充益生菌有助于平衡肠道菌群及恢复正常的肠道pH值，缓解腹泻症状。
双歧杆菌将糖分解后生成乳酸和醋酸，使肠道呈酸性，抑制有害菌在肠道内的繁殖，促进肠道蠕动，起到缓解便秘的作用。
肠道内的益生菌喜欢利用葡萄糖，体内有大量益生菌存在，它们都在积极消耗葡萄糖，向体内输送的葡萄糖就会减少，达到预防和治疗糖尿病的效果。
抗生素在杀灭细菌的同时，也会杀死体内的有益菌，补充益生菌，可以帮助恢复体内菌群平衡，从而减轻副作用。
近年研究表明，肠道菌群失调参与肝硬化的发生。2013年《中国肝性脑病诊治共识意见》中明确肯定了益生菌对于治疗轻微型肝性脑病的有效性。
《中国肝性脑病诊治共识意见》推荐的益生菌有：益生菌合剂、乳杆菌GG株、嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌与低聚糖。
益生菌可以促进肠道消化酶的分泌，帮助人体消化、吸收。还可以缓解由不耐乳糖带来的腹泻、胀气等不适症状，可与牛奶同食。
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